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病原体产生的毒素会毒杀生性脆弱的精子，使其死亡率大大增加。同时，白细胞、巨细胞等机体卫士在消灭病原体时，也可能不分好歹，误杀或误伤精子。炎症反应产生的大量代谢产物，也会毒害精子，或改变精子的生存环境，使精子活动力下降、死精子增多，造成畸形精子率上升，精子数量减少等，从而能引起少精症。
附睾被病原体感染后，有的病原体(如大肠杆菌)可直接对附睾管中的精子造成损害，抑制精子的活动度或使精子发生凝集，以降低其活动能力;有的病原体吸附在精子表面，使其活动力降低甚至丧失，从而导致男性不育。
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